1840年，香港天主教會已在港島以外地區開展傳教工作。最初在荃灣岸邊設立學校及傳教站，其後伸延到大埔一帶 。再從大埔沿著林村到達元朗平原。
穀祿師神父 (Richard S. Brookes, PIME, 1892-1980) 是元朗區傳教的先鋒。他在 1926年任新界西區主任司鐸，管理範圍包括大埔、元朗及大嶼山的大澳及石壁。當時共有男女傳道員各一人及男女教師共五人協助傳教。及後在1926-27年間傳教工作推展至元朗墟。
元朗舊墟東頭村在1927年6月29日設立了新宿舍，以「聖伯多祿及聖保祿宗徒」為主保聖人。隨後在各村落共開辦了五間學校，聘請了男女傳道員各一名協助傳教工作。在1928年6月24日八鄉長埔的聖堂舉行祝聖儀式，一年後，元朗區已有43個奉教家庭，教友133人，慕道者39人，可見傳教工作開展得十分順利。
區鴻慈神父 (Valva Didacus D’Ayala, PIME, 1900-1989)在1932年接替穀神父出任新界西區主任司鐸直至1940年。當時元朗區共有教友約150人，元朗墟有99名信徒，上輋35人，下輋3人，橫台山2人，水流田5人，長埔25人。區神父在日本侵華戰爭期間離開了元朗。
繼區神父之後，楊倬華神父 (Joseph Yeung, 1878-1945) 在1940年聖誕後出任新界西區主任司鐸一年之多，並在1941年年中以患病為理由要求調離元朗。
在1942年8月18日按盧履中神父 (Philip Lo, 1889-1970) 以署理元朗區主任司鐸身份呈報教務中提及，當時一年內只有少數教友領洗及領受婚配聖事，而且沒有傳道員協助工作，教務陷於近乎停頓的狀態。有見及此陳鴻恩神父 (Beneficus Chan, 1897-1967)在1943-45年間駐守大埔並兼顧元朗的傳教工作。在此之後區鴻慈神父於1945 -50年間重返元朗工作，但他的管理範圍只包括元朗至荃灣，並不包括大埔。
及至1951年3月30日由曾子光神父 (Paul Tsang, 1908-1984) 負責照顧元朗區並由大埔的賴法禹神父 (Ambrose Poletti, PIME, 1905-1972) 主管整區。1952年主教將荃灣劃出自成一區，元朗傳教區的南部便縮至屯門。
元朗傳教區在1953年揭開了新的里程，當時的教區主管黃景賢神父 (John B. Wong, 1919-1971)
Our Lady of Sorrows Chapel (Kam Tsin Wai)
除了策劃興建新堂外，並成立了崇德英文書院、公教聯誼會、聖詠團、聖母軍及輔祭會。他重新聘用傳道員協助教授要理，並在主日彌撒前在聖堂領誦經文。黃神父為音樂家，擅於作曲及彈琴，他任內的建樹亦不少。在同年的5月8日「元朗公教聯誼會」由白英奇主教 (Bishop Lawrence Bianchi) 批准成立，並由當時元朗的理民官徐家祥先生出任第一屆會長。「元朗公教聯誼會」旨在聯絡教友感情並增進教友福利。該會曾舉辦賣物會籌款，資助聖堂的裝修及購置音響設備及祭台地氈。
1955年黃神父在丹桂村租得兩間軍營式鐵皮半圓拱屋作為聖堂，名為「玫瑰小堂」。每主日舉行黃昏彌撒及教授要理。1958年9月16日崇德英文書院成立，並於同年12月18日由傳信部部長雅靜安樞機 (Cardinal Agagianian) 祝聖水邊村元朗新聖堂。聖堂前方的木質哥德式大祭台是「巴黎外方傳教會」所贈，是從薄扶林道納匝肋印書館小堂搬過來的。祭台中央及左右兩邊的聖像原為十字架及聖伯多祿聖保祿像，及後安放了現今的復活基督彩石圖、耶穌聖心及聖母聖心像。
當時元朗區約有1400名教友，元朗市只有教友200人 ，其他散居約40條村落。由於村落教友大部份為農民忙於農作 ，通常教友每隔一週才來聖堂一次。牧民方面亦頗有困難，因為只有約三分一教友參加主日彌撒，善會亦不能發揮作用且當時只有兩位傳道員協助傳教工作。黃泥墩之「聖母無原罪小堂」是當時教友的另一集中地點，約有200名教友，但該地的聖堂缺修，神父每月也不能依時前來舉行一次彌撒。
黃景賢神父在1960年發生了交通意外，當時他駕駛的電單車與貨車相撞，健康受到很大的影嚮。在他復完後不久便調任到九龍竹園「聖庇護第十小堂」。
最初，元朗南部的屯門於1960年以「聖若翰小堂」為基地脫離元朗自成一區，後來再進展成為屯門「贖世主堂」。
1963年余遠之神父 (Thomas Yu, 1914-1987) 出任元朗區教會主管。在他任內的六年間也有很多建樹。
St. Jude’s Mass Centre (Kam Tin)
1964年洪水橋「玫瑰堂」脫離元朗區自成一區，當時有教友約250人，由范慕琦神父 (Joseph Famiglieti, PIME) 主管，其後於1976年祝聖新堂，並於1979年升格為堂區，最後於1995年歸入天水圍「聖葉理諾堂」。
在余神父任內曾將教堂屋頂由石棉瓦改為瓦片，使教友聚會時較為清涼 。聖堂的木樑也改為鋼樑，先後翻新及更換跪凳，建造新的告解亭 ，更在堂外建立了一座聖母山。這聖母山是參照法國的「露德聖母」而建。余神父更於1963年成立了男女青年會，為崇德英文書院擴建新校，並將它轉為資助中學。1966年成立聖若瑟善終會。1969年余神父卸任時，元朗區的傳教工作也算打好了相當穩健的基礎。
1973年聖堂重修，鋪設地磚時，由名師巴路用彩石鑲嵌了「十四處苦路」及「聖伯多祿聖保祿宗徒」馬賽克彩石圖，置於聖堂內。兩幅宗徒彩石圖於2008年移至一樓長廊。
2006年聖堂外亦增設了「聖家像」，於同年12月31日「聖家節」由本堂主任司鐸祝福。並將本堂奉獻給聖家，祈望藉聖家的助佑，信友們在教會的大家庭內，彼此相親相愛，團結一致，並效法耶穌的芳表，全心承行主旨。
「聖庇護神父小堂」位於一樓長廊盡頭，由一活動室改建而成，工程於2007年竣工，陳日君樞機於同年3月19日「聖若瑟瞻禮」蒞臨祝福後啟用。增添小堂目的為每天舉行「明供聖體」，以鼓勵教友更熱愛耶穌。
2007年，聖堂內潻置了兩尊全新的「聖伯多祿及聖保祿宗徒像」，並於同年6月24日「聖伯多祿聖保祿宗徒瞻禮」由湯漢主教祝福。
2007年「聖體聖血節」，堂區首次舉行「聖體出遊」。
2008年7月，為響應普世教會興祝「聖保祿宗徒誕生二千禧年」，於一樓長廊加設四幅保祿宗徒傳教之旅地圖。
為慶祝聖保祿誕生二千禧年，教宗本篤十六世欽定2008年6月28日至2009年6月29日為「聖保祿年」。蒙天主的祝福，本堂榮幸獲天主教香港教區選為「聖保祿年」朝聖地。我們衷心感謝天主賜予我們團體這份豐厚的恩寵。
2010年4月11日「救主慈悲主日」，本堂主任司鐸祝福了一尊在菲律賓，以人手雕刻而成的木「十字架苦像」，並矗立於一樓平台為祈禱之用而改建的小花園內。
1926-1969新界西歷屆主任司鐸包括 ：
1926-1932 年穀祿師神父 (Richard S. Brookes, PIME, 1892-1980)
1932-1940年區鴻慈神父 (Valva Didacus D’Ayala, PIME, 1900-1989)
(1945-1950年重返元朗)
1940-1941年楊倬華神父 (Joseph Yeung, 1878-1945)
1942-1943年盧履中神父 (Philip Lo, 1889-1970)
1951-1952年曾子光神父 (Paul Tsang, 1908-1984)
1953-1960年黃景賢神父 (John B Wong, 1919-1971)
1960-1963年陳子殷神父 (Philip Chan) 及范賚亮神父 (Valeriano Fraccaro, PIME, 1913-1974)
1963-1969年余遠之神父 (Thomas Yu, 1914-1987)
六十年代開始服務元朗堂區之主任司鐸：
1969-1971年謝鳴之神父 (John Tse, 1927-1987)
1971-1977年張德凱神父 (Victor Beretta, PIME)
1977-1981年嘉畢主神父 (Peter Galbiati, PIME)
1981-1982年任致遠神父 (Pierre Jeanne, MEP)
1982-1986年曾祺光神父 (Giancarlo Politi, PIME)
1986-1991年戴雨谷神父 (Joseph Tai, SJ)
1991-1996年格普黎神父 (Vincenzo Carbone, PIME)
1996-2003年施永泰神父 (Giorgio Pasini, PIME)
2003-2006年高培理神父 (Vincent Corbelli, MM)
2006-2023年包俊偉神父(Gervais E. Baudry, IVE)
2023年至現在葉寶林神父(Rev. Martin IP Po-lam)