時值公元58至60年，保祿回到耶路撒冷，在聖殿被補（宗21:27-36），猶太人決議殺害他（宗23:12-15），幾經轉折保祿向凱撒上訴（宗25:11）。由凱撒勒雅解往羅馬途中， 因遇上颶風， 船在默里達島附近擱淺（宗27）。
保祿滿腔傳教的熱火，當他在羅馬被囚時，寫下《厄弗所書》、《哥羅森書》和《斐理伯書》。當保祿心愛的斐理伯教會知道他不幸入獄的消息後，給了保祿許多幫助和安慰。為了答謝他們，保祿寫了致斐理伯人書，並表示不久將要回去見他們，同時還派弟茂德去看他們。他還把握機會向羅馬軍人宣講福音，在他寫給斐理伯人的書信第一章中，他敘述了在逆境中福傳的效果：「弟兄們！我願意告訴你們，我的環境對於福音的進展，反而更有益處，以致御營全軍和其餘眾人，都明明知道，我帶鎖鏈是為基督的緣故，並且大多數的弟兄，因見我帶鎖鏈，就依靠主，更敢講論天主的道理。」（斐1:12-14）。
保祿先在羅馬渡過兩年軟禁生涯（宗28:30-31）。其後獲釋，約在65年重訪馬其頓，寫下《弟茂德前書》及《弟鐸書》。公元66年回到羅馬，那時期尼祿王瘋狂地迫害主的門徒，保祿再次被囚。
宗徒知道自己這次再沒有獲釋的希望，但又怕死前不能見到自己的愛徒，所以把他最後要向弟茂德所說的話，寫在《弟茂德後書》裡。保祿勸愛徒善盡自己的職責，希望弟茂德以他為榜樣，能鼓起勇氣，為基督忍受一切。保祿這樣說：「我在天主和那要審判生死者的基督耶穌前，指著他的顯現和他的國，懇求你：務要宣講真道，不論順境逆境，總要堅持不變；以百般的忍耐和各樣的教訓去反駁，去斥責，去勸勉。」（弟後4:1-2）。他也豪爽的說：「因為我已被奠祭，我離世的時期已經近了，這場好仗我已打完，這場賽跑我已跑到終點，這信仰，我已保持了。從今以後，正義的冠冕已為我預備下了，就是主，正義的審判者，到那一日必要賞給我的；不但賞給我，而且也賞給一切愛慕他顯現的人。」（弟後4:6-9）。
最後他知道為主殉道的日子近了，但身邊只有路加一人，宗徒很渴望愛徒弟茂德也能在他的左右，故著他急速在入冬前趕到羅馬（弟後4:9,11）。
「願主與你的心靈同在！願恩寵與你們同在！」（弟後4:22），這是保祿宗徒留給教會最後的一句話。